台風第16号は、9月6日西表島の北海上で発生し、東に進んだ。7日07時半頃沖縄本島南部を通過し、同島東海上でループを描いた後北西に進み、8日03時半頃同島中部を通過した。台風は、同島西海上で3日間にわたりループを描いた後、久米島の南海上で停滞したため、14日まで7日間にわたりこの海域にあった。その後南西に進み、16日夜台湾に上陸したあと、21日に華南に上陸し熱帯低気圧になった。
沖縄本島では、台風が通過した7日から8日にかけて中南部で300~400mmの大雨となり、那覇では期間降水量が551.5mmとなった。また、近海で長時間台風が停滞した久米島では、期間降水量が967.5mm(平年の年降水量の45%)と記録的な大雨となった。沖縄本島では7日から8日にかけて暴風となり、那覇では最大風速25.4m/s(最大瞬間風速41.7m/s)、久米島では12日に最大瞬間風速50.8m/sを観測した。
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